|
| |
|
|
Viruses in the pathogenesis of coeliac disease
Chudá, Kateřina ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Celiakie je chronické zánětlivé onemocnění tenkého střeva. Pro manifestaci nemoci je nezbytná konzumace lepku, která vede k poškozování střevní sliznice v důsledku imunitní reakce namířené vůči složkám lepku. Propuknutí nemoci ovlivňuje řada faktorů majících příčiny v genetických predispozicích daných osob, ale také v prostředí, jakému jsou tito jedinci vystaveni. Z environmentálních faktorů může k rozvoji nemoci přispět například změna jídelníčku nebo prodělaná infekce. Tato práce se zabývá především virovými infekcemi ve vztahu k celiakii - jejich možnou rolí v rozvoji tohoto onemocnění, způsobem interakce s hostitelem nebo jejich významem v populaci. Jako možné kandidátní viry jsou představeny některé herpesviry, reoviry, adenovirus, astrovirus, respirační syncytiální virus a viry hepatitidy B a C. Práce také shrnuje nejvýznamnější současné kohortové studie, jejichž smyslem je, mimo jiné, přispět k objasnění rolí různých vlivů prostředí podílejících se na rozvoji diabetu 1. typu a celiakie, dvou nemocí se společnými genetickými prediktory. Klíčová slova: celiakie, orthoreovirus, rotavirus, adenovirus, astrovirus, respiratory syncytial virus, virus hepatitidy B, virus hepatitidy C, prospektivní kohortová studie
|
|
|
Genom enterovirů z dětské stolice: kombinace next-generation a klasického Sangerova sekvenování
Holková, Kateřina ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Cílem této práce je vývoj strategie pro vyhodnocování dat z next-generation sekvenování. Pomocí bioinformatických nástrojů (programu Galaxy, Velvet, Enterovirus genotyping tool) jsme optimalizovali metodu pro zpracování těchto dat. Analyzovali jsme 22 vzorků. Deset z těchto vzorků bylo pěstováno na buněčných kulturách, zbylých dvanáct pochází z reálných vzorků stolic. Všechny vzorky pocházejí od jednotlivců, kteří jsou geneticky predisponovaní k diabetu 1. typu a všechny byly pozitivní na enterovirus. Enteroviry a jejich infekce jsou po dlouhou dobu považovány za vážné kandidáty, kteří mohou být zapojeni do etiologie onemocnění diabetu 1. typu, což je onemocnění končící absolutním deficitem insulínu v důsledku autoimunitní destrukce beta buněk pankreatu. Genetická složka tohoto onemocnění se zdá být poměrně dobře definována (HLA, INS, CTLA4, PTPN22, CTLA4, IFIH1 a mnoho dalších genů), environmentální část etiologie zůstává nejasná. Dokázali jsme sestavit 22 genomů de novo, avšak s četnými mezerami mezi jednotlivými kontigy. U prvních devíti vzorků jsme tyto mezery překlenuli pomocí Sangerova sekvenování. Tímto způsobem jsme sestavili 9 celých virových genomů. Hlavním přínosem této práce je vytvoření univerzálního postupu analýzy dat z next- generation sekvenování, který se již používá pro další...
|
|
| |
host ::
RSS.